專注

2011年6月19日星期日

查詢體外診療器相關法規

先查詢台灣FDA產品代碼
http://licnquery.fda.gov.tw/DO8180.asp
可查詢產品等級、分類

之後轉換代碼，到FDA查詢相關品項
(A轉換為862 , B轉換為864 C轉換為866 , D轉換為868 ...以此類推)
http://www.accessdata.fda.gov/scripts/cdrh/cfdocs/cfPCD/classification.cfm
在regulation number的欄位內輸入產品分類分級代碼

若要找尋美國上市產品的標準和指引(Guide line)
可到510(k)搜尋，找產品的summary
http://www.accessdata.fda.gov/scripts/cdrh/cfdocs/cfPMN/pmn.cfm

點選summary

會有該產品詳細文件檔

另外，下面這個網站有IVD相關文件，不過只有名稱，檔案還要再找
http://sites.google.com/site/bccertificate/ivdstandard

以上

2011年1月11日星期二

MeV multiple experiment viewer主要用來分析矩陣式的資料，舉凡microarray、96 well孔盤等。
可將每個資料點做相關性分群，看實驗組、對照組之間細部資料是否有差異性。

使用這套軟體第一步要先安裝Java
下載網址 http://www.java.com/zh_TW/
之後點TMEV.bat開始執行

1. 打開後點file→Load data→就會出現下面視窗

2. 選擇要分析的資料類型

3. 點選資料路徑

這邊是用Genepix

4.下方會出現資料內容，在數字資料第一欄第一列的位置點選一下，告訴MeV這是第一筆資料

5. 資料匯入後的結果
點選set font type可調整呈現的字體大小

6. 將資料Normalize (依total intensity)

Normalize後的結果

7. 儲存結果
Save analysis: 存分析步驟、分析數值
Save metrix: 存分析數值

8. Hierarchial clustering，依gene和實驗組別相似性做2D cluster

Cluster結果

左方可見HCL tree，可修改其名稱

9.另外可點tree的節點，挑出所要看的子cluster

另外獨立分析

獨立出來的session

10. Visualization:可看各個基因之間的相關性

點選各點，會顯示相關資料

還可以點出胎的圖形

11. 點選Clustering，做K-mean分析
K-mean特點是自己設要分群的組數

分群的結果

可從左方列看圖形或表格結果

12. 用CAST做分析
CAST是依數據相關性自動分群

參數用預設的

分析結果

13. 做Normalize動作
讓0.1和1的差異跟1和10的差異同樣凸顯出來

Normalize的結果

用線條來呈現

2010年12月23日星期四

以STRING和BOND資料庫預測protein protein interaction

今天上課內容是利用資料庫搜尋可能的protein protein interaction相關物質
所用的資料庫有
STRING (圖像化表示protein interaction)
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=OtTDdNLsOyOX&sessionId=XmR18k3OQNwf
BOND (搜尋protein complex, structure)
http://bond.unleashedinformatics.com/

先介紹STRING

1. 登錄畫面，先輸入要找的蛋白質名稱，還有他的物種

2.多個同名的東西中挑自己要的

3. 搜尋結果出來

5. 下方有控制列，功能如下
    confidence: 看可能性有多高
    evidence:看文獻來源是哪些
    action:看是正調控或是負調控
    interaction:可以去移動畫面中圖形的位置
    +, -增加減少interaction的東西
   save:可把圖或裡面提到的文獻存下來