以STRING和BOND資料庫預測protein protein interaction

今天上課內容是利用資料庫搜尋可能的protein protein interaction相關物質
所用的資料庫有
STRING (圖像化表示protein interaction)
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=OtTDdNLsOyOX&sessionId=XmR18k3OQNwf
BOND (搜尋protein complex, structure)
http://bond.unleashedinformatics.com/

先介紹STRING

1. 登錄畫面，先輸入要找的蛋白質名稱，還有他的物種

2.多個同名的東西中挑自己要的

3. 搜尋結果出來

5. 下方有控制列，功能如下
    confidence: 看可能性有多高
    evidence:看文獻來源是哪些
    action:看是正調控或是負調控
    interaction:可以去移動畫面中圖形的位置
    +, -增加減少interaction的東西
   save:可把圖或裡面提到的文獻存下來

畫面下方可以選views清單
info清單可以選掉不要看的資料，讓interaction的圖更簡潔

evidence 結果

action 結果

儲存圖檔的畫面

6. 畫面偏下方有views選單，可選各種view
    Neighborhood
    Fusion
    Occurence
    Coexpression
    Experiments
    Database
    Textmining
   
   此圖為occurence

點選database結果

有詳細的pathway

還可以點入，看更詳細的資料

再來介紹BOND
1. 此網站要註冊，註冊玩網站會寄一組啟動代碼，啟動後即可開始使用

2.進入後畫面，直接輸入要搜尋的東西

3. 出現結果
    可看summary, sequences, interactions, complexes, pathways

interactions結果

還可以點進去看細項

4. complex結果