用phylip畫演化樹 MP、ML

本周作業是用phylip畫演化樹。
本次用的方法是character-based method: MP、ML

整體流程如下 :
先用SEQboot將10條接近的蛋白質序列亂數變動100次，模擬自然界亂數演變。
之後用propars (MP)或 proml (ML)將100次結果排序親源順序樹狀圖，
再用consense 將100個樹狀結果統合成1個結果。
philip如下圖所示

MP method
1. 先用bioedit匯入10條序列，並做alignment

 開啟檔案

 做alignment

 alignment結果

 存成phylip檔案格式

 2. 開啟phylip .exe資料夾，要先將電腦內穎藏副檔名的選項勾掉。

3. 將步驟1存的檔案改名成infile

4. 點選SEQBOOT.exe
它有一堆清單，按y
之後 random number seed，按1
他開始跑出新的亂數序列

5. 跑出結果outfile
之後將infile改成infile1
將outfile改成infile
(因為phylip只認infile和outfile)

6. 點選propar.exe，將100組亂數序列排出100棵樹
先按m (analyze multiple data sets)→
再按d (multiple data sets)→
再按100 (100組序列)→
再按1
再按1
然後按y，就開始跑了

按y開始跑

7.Porpars.exe會跑出outfile和outtree
outfile為樹狀圖
outtree為描述的文件檔

outfile結果

outtree結果

8. 將infile改成infile2，outfile改成outfile1，outtree改成intree

9.點選consense.exe，將propars算出的100棵樹整合成1棵樹
它會跳出詢問，按y
開始運算

10.跑出outfile和outtree
outfile

11. outtree可以用treeview來看

12.treeview打開後的畫面















ML method
1.前面5個步驟跟MP相同，
步驟6選proml.exe跑不同的tree
設定:
m→d→100→1→1→y

 2. 跑出outfile和outtree
outfile結果

 outtree結果

 3.將infile改成infile2，outfile改成outfile1，outtree改成intree
跑consense.exe，整合成1棵樹
設定同樣按y

跑出outtree
4.以treeview開啟 outtree

 5. 點選phylogram, and show internal edge label