用CLC workbench combine sequence及bioedit 做sequence alignment

本周作業是要用CLC workbench combine 不同的sequence。

步驟如下:

1. 先打開CLC workbench程式

2. 按Import鍵匯入片段的sequence (sequence 1-5)

3. 選擇general sequence analyses> Join sequences

4.跳出面板，選擇要combine的sequences (sequence 1-5)

5.排序要分析的sequence，此步驟會影響最後combine的結果。
因為一開始的sequence是照順序排，就不用改了。

6. 之後選open，直接先看看結果

7. 結果出來了，還標示restriction enzyme cutting site

8. 按export，把結果存下來，combine的工作就結束了。

之後上NCBI，看combine的結果是否能blast到已知序列。
1. NCBI> Blast

2.進入之後選blastn

3.upload 剛剛存的sequence，記得勾選將結果顯示於新視窗的選項

4. blast結果出來了。 最接近的是human insulin (INS) mRNA

5.之後上biorag查這段基因相關訊息。
填入帳密後選search>genes

6.設定相關選單

7. 跑出結果，參與carbohydrate metabolism

另外同學有用不同blast database，也找到INS，blast 分數較高，但accession number不同。

但此accession number在biorag找不到資料。

之後進入第二部分
用bioedit 比對blast到的sequnce和五段sequence位置關係

1. 打開bioedit程式

2.上NCBI將剛剛blast的結果存下來

3.要選Fasta file

4. 之後用bioedit把檔案打開

5.再匯入五段sequence

6.匯入了

7.點選全部sequence，選accessory application> clustalW multiple alignment。

8.就依預設值跑

9.跑出的結果，怪怪的，五段sequence都聚在一起

10.點上方按鈕還可以標出相近的序列

不過這個部分有些問題，
依此做法，程式會將六段序列當成一樣的序列來比較，而不是一對一(sequence1-5對blast的結果)比較，所以沒辦法顯示原片段的sequence在blast的分布位置。




接著是作業二
用bioedit 排列11物種的同一基因，看其是否存在homologue

1. 將11物種protein sequence匯入

2.點選accessory application> clustalW multiple alignment，會跳出這個新視窗
之後按上方按鈕，會出現色塊標示homologue。